In epoca romana, la collina del Castello era occupata da un complesso residenziale, verosimilmente una villa di Cesare descritta anche da Tacito, e i cui resti vennero inglobati durante la costruzione della fortezza nel 1495.
Dopo essere stato conquistato nel 1504 da Ferdinando il Cattolico, Re della Corona d'Aragona, il Regno di Napoli fu convertito in Vicereame e le sue fortezze costiere furono interessate da una radicale opera di ristrutturazione e ampliamento, in modo da renderle più efficaci contro le incursioni saracene e turche.
Anche il castello di Baia avviò lavori di miglioramento, che durarono dal 1538 al 1550 e che gli donarono la sua attuale forma di stella. Il castello conservò la sua funzione militare lungo tutto il periodo del vicereame spagnolo (1503-1707), e lo stesso accadde durante il dominio austriaco (1707-1734), e infine durante il regno borbonico (1734-1860).
Dopo l’Unità d'Italia, la fortezza visse un periodo di decadenza e d’abbandono, finché, nel 1927, lo Stato ne dispose la concessione al Reale Orfanotrofio Militare, che decise numerosi lavori di ristrutturazione. Negli anni della Seconda Guerra Mondiale, il castello fu brevemente utilizzato come carcere e soggiorno per prigionieri di guerra, poi riacquistò la funzione di orfanotrofio militare, che mantenne fino al 1975.
In occasione del devastante terremoto dell'Irpinia del 1980, la fortezza, nel frattempo passata alla Regione Campania, fu adibita per alcuni anni a rifugio straordinario per alcune famiglie napoletane, prima di venire definitivamente consegnato, nel 1984, alla Soprintendenza Archeologica di Napoli e Caserta e diventare sede del Museo Archeologico dei Campi Flegrei.
Aperto nella sua configurazione attuale nel 2010, il Museo fa anche parte del Parco Archeologico dei Campi Flegrei, che comprende i principali siti e monumenti archeologici del territorio flegreo.
LO SAPEVI CHE...?
Il Museo propone un ampio ed affascinante percorso espositivo incentrato sulla ricostruzione e restituzione di tutte le particolarità storiche, culturali e naturalistiche tipiche dell’area flegrea.
La struttura espone infatti testimonianze eccezionali, come il "Sacello degli Augustali" di Miseno, ricostruito con la sua decorazione architettonica e scultorea; o come il complesso delle sculture del Ninfeo di Punta Epitaffio, ritrovato nel corso di uno scavo subacqueo.
Molto rappresentativa è anche la celebre raccolta dei "gessi di Baia", composta da centinaia di frammenti di calchi eseguiti direttamente sulle più celebri sculture greche dell'età classica. Tra il I e il II secolo d.C., questi calchi furono adoperati come modelli per la realizzazione di copie marmoree destinate alla decorazione di ville ed edifici pubblici.
